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文章导读:目录 技术背景PLUMED的下载与安装安装验证简单示例轨迹文件的格式转换用pip安装mdtraj总结概要版权声明参考链接技术背景 增强采样(Enhanced Sampling)是一种在分子动力学模拟中常用的技术,其作用是帮助我们更加……各位看官请向下阅读:

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技术背景PLUMED的下载与安装安装验证简单示例轨迹文件的格式转换用pip安装mdtraj总结概要版权声明参考链接技术背景

增强采样(Enhanced Sampling)是一种在分子动力学模拟中常用的技术,其作用是帮助我们更加快速的在时间轴上找到尽可能多的体系结构及其对应的能量。比如一个氢气的燃烧反应,在中间过程中会产生众多的反应产物,但是我们光从结果来看的话,就是从H2加O2,经过燃烧以后变成了H2O,那么中间的过程就被我们全部忽略了。实际上化学反应是一个整体的过程,是非常复杂的,如果要控制一个化学反应的过程,或者制备某个中间态的产物,或者需要提升最终预期产物的占比,我们不得不考虑整个化学反应的路径。

由于分子动力学模拟是基于牛顿力学的,因此中间发生的位移和碰撞我们都认为是连续的过程,但是为了在时间轴上更快的读取数据,我们不能无限制的对时间进行分割,只能通过对时间进行采样来获得一个近似的过程。最典型的就是均匀采样,比如每隔10ps采一个样本点。但是这种方法在保障计算效率的前提下,很容易忽略了中间过程中出现时间极其短暂的一个体系状态。因此就需要使用到增强抽样的方法,对于高简并度的状态,我们降低其被采样的概率,而对于低简并度的状态,我们提升其被采到的概率。常见的方法有:Meta Dynamics、VES和ITS等。这里我们探索一下分子动力学模拟软件PLUMED的安装,该软件已经集成了很大一部分的CV和增强采样的方法。

PLUMED的下载与安装

首先访问其官方下载网站找到一个合适的版本进行下载,比如这里我是直接下载的最新的版本:

下载完成后可以用tar -xvf plumed-2.7.1.tgz指令来进行解压缩,可以看到解压后的目录如下所示:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed$ ll总用量 103736drwxrwxr-x 3 dechin dechin 4096 7月 12 09:21 ./drwxrwxr-x 10 dechin dechin 4096 7月 12 09:20 ../drwxrwxr-x 18 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 plumed-2.7.1/-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 106210796 7月 12 09:21 plumed-2.7.1.tgz(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed$ cd plumed-2.7.1/(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/plumed-2.7.1$ ll总用量 504drwxrwxr-x 18 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 ./drwxrwxr-x 3 dechin dechin 4096 7月 12 09:21 ../drwxrwxr-x 6 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 astyle/-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 71 4月 16 14:48 .astyle.optionsdrwxrwxr-x 2 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 CHANGES/-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 94 4月 16 14:48 .codecov.ymldrwxrwxr-x 4 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 conda/-rwxrwxr-x 1 dechin dechin 323087 4月 16 14:48 configure*-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 43692 4月 16 14:48 configure.ac-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 7639 4月 16 14:48 COPYING.LESSERdrwxrwxr-x 2 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 developer-doc/drwxrwxr-x 2 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 docker/drwxrwxr-x 3 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 .github/-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 179 4月 16 14:48 .gitignore-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 245 4月 16 14:48 .lgtm.ymldrwxrwxr-x 2 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 macports/-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 2485 4月 16 14:48 Makefile-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 1200 4月 16 14:48 Makefile.conf.indrwxrwxr-x 7 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 patches/-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 527 4月 16 14:48 PEOPLEdrwxrwxr-x 3 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 python/-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 8146 4月 16 14:48 README.mddrwxrwxr-x 26 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 regtest/-rwxrwxr-x 1 dechin dechin 5397 4月 16 14:48 release.sh*drwxrwxr-x 2 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 scripts/-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 319 4月 16 14:48 sourceme.sh.indrwxrwxr-x 45 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 src/-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 0 4月 16 14:48 stamp-h.indrwxrwxr-x 6 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 test/drwxrwxr-x 2 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 .travis/-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 10558 4月 16 14:48 .travis.ymldrwxrwxr-x 4 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 user-doc/-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 322 4月 16 14:48 VERSIONdrwxrwxr-x 2 dechin dechin 4096 4月 16 14:48 vim/

直接在这个plumed-2.7.1(注意对应自己安装的版本)目录下执行如下的指令进行安装:

$ ./configure --prefix=/usr/local$ make -j 4$ sudo make install

安装验证

安装完成后,可以在命令行中直接使用plumed指令,可以用如下帮助指令,确认软件是否被安装成功:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples$ plumed helpUsage: plumed [options] [command] [command options] plumed [command] -h|--help: to print help for a specific commandOptions: [help|-h|--help] : to print this help [--is-installed] : fails if plumed is not installed [--has-mpi] : fails if plumed is running without MPI [--has-dlopen] : fails if plumed is compiled without dlopen [--load LIB] : loads a shared object (typically a plugin library) [--standalone-executable] : tells plumed not to look for commands implemented as scriptsCommands: plumed completion : dump a function usable for programmable completion plumed driver : analyze trajectories with plumed plumed driver-float : analyze trajectories with plumed (single precision version) plumed gen_example : construct an example for the manual that users can interact with plumed gentemplate : print out a template input for a particular action plumed info : provide informations about plumed plumed kt : print out the value of kT at a particular temperature plumed manual : print out a description of the keywords for an action in html plumed pathtools : print out a description of the keywords for an action in html plumed pdbrenumber : Modify atom numbers in a PDB, possibly using hybrid-36 coding plumed pesmd : Langevin dynamics on PLUMED energy landscape plumed simplemd : run lj code plumed sum_hills : sum the hills with plumed plumed patch : patch an MD engine plumed vim2html : convert plumed input file to colored html using vim syntax plumed selector : create lists of serial atom numbers plumed config : inquire plumed about how it was configure plumed newcv : create a new collective variable from a template plumed mklib : compile a .cpp file into a shared library plumed partial_tempering : scale parameters in a gromacs topology to implement solute or partial tempering

简单示例

使用plumed,需要有一个完整的反应路径文件,这里我们可以用wget直接下载plumed仓库中的示例轨迹文件:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples$ wget https://plumed.github.io/doc-v2.4/user-doc/html/tutorial-resources/trieste-1.tar.gz--2021-07-12 10:18:18-- https://plumed.github.io/doc-v2.4/user-doc/html/tutorial-resources/trieste-1.tar.gz正在解析主机 plumed.github.io (plumed.github.io)... ::1, 185.199.109.153, 185.199.108.153, ...正在连接 plumed.github.io (plumed.github.io)|::1|:443... 失败:拒绝连接。正在连接 plumed.github.io (plumed.github.io)|185.199.109.153|:443... 已连接。已发出 HTTP 请求,正在等待回应... 301 Moved Permanently位置:https://www.plumed.org/doc-v2.4/user-doc/html/tutorial-resources/trieste-1.tar.gz [跟随至新的 URL]--2021-07-12 10:18:19-- https://www.plumed.org/doc-v2.4/user-doc/html/tutorial-resources/trieste-1.tar.gz正在解析主机 www.plumed.org (www.plumed.org)... ::1, 185.199.109.153, 185.199.108.153, ...正在连接 www.plumed.org (www.plumed.org)|::1|:443... 失败:拒绝连接。正在连接 www.plumed.org (www.plumed.org)|185.199.109.153|:443... 已连接。已发出 HTTP 请求,正在等待回应... 200 OK长度: 335374 (328K) [application/gzip]正在保存至: “trieste-1.tar.gz”trieste-1.tar.gz 100%[==================>] 327.51K --.-KB/s 用时 0.04s 2021-07-12 10:18:20 (8.02 MB/s) - 已保存 “trieste-1.tar.gz” [335374/335374])

同样的执行解压:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples$ ll总用量 336drwxrwxr-x 2 dechin dechin 4096 7月 12 10:18 ./drwxrwxr-x 4 dechin dechin 4096 7月 12 09:38 ../-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 335374 11月 18 2020 trieste-1.tar.gz(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples$ tar -xvf trieste-1.tar.gz trieste-1/trieste-1/.solutions/trieste-1/.solutions/ref-rna.pdbtrieste-1/.solutions/plumed-ex2c.dattrieste-1/.solutions/plumed-ex2.dattrieste-1/.solutions/plumed-ex2b.dattrieste-1/.solutions/plumed-ex1b.dattrieste-1/.solutions/plumed-ex1.dattrieste-1/traj-broken.xtctrieste-1/ref.pdbtrieste-1/traj-whole.xtc

解压后可以在目录下看到一个pdb的配置文件和两个xtc的轨迹文件,这个是用gromacs生成的数据文件格式:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples/trieste-1$ ll总用量 752drwxr-xr-x 3 dechin dechin 4096 11月 18 2020 ./drwxrwxr-x 3 dechin dechin 4096 7月 12 10:19 ../-rw-r--r-- 1 dechin dechin 519979 11月 18 2020 ref.pdbdrwxr-xr-x 2 dechin dechin 4096 11月 18 2020 .solutions/-rw-r--r-- 1 dechin dechin 117620 11月 18 2020 traj-broken.xtc-rw-r--r-- 1 dechin dechin 116036 11月 18 2020 traj-whole.xtc

在具备了轨迹文件之后,就可以按照官方的文档示例来编写plumed.dat配置输入文件,用于定义需要计算的内容,比如这里定义的是计算1号原子和2号原子之间的距离,并每10个step将其写入到名为colvar的文件下:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples/trieste-1$ cat plumed.dat d1: DISTANCE ATOMS=1,2 PRINT ARG=d1 FILE=colvar STRIDE=10

执行plumed指令得到的结果如下:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples/trieste-1$ plumed driver --mf_xtc traj-whole.xtc --plumed plumed.dat DRIVER: Found molfile format trajectory xtc with name traj-whole.xtcPLUMED: PLUMED is startingPLUMED: Version: 2.7.1 (git: Unknown) compiled on Jul 12 2021 at 09:24:30PLUMED: Please cite these papers when using PLUMED [1][2]PLUMED: For further information see the PLUMED web page at http://www.plumed.orgPLUMED: Root: /usr/local/lib/plumedPLUMED: For installed feature, see /usr/local/lib/plumed/src/config/config.txtPLUMED: Molecular dynamics engine: driverPLUMED: Precision of reals: 8PLUMED: Running over 1 nodePLUMED: Number of threads: 1PLUMED: Cache line size: 512PLUMED: Number of atoms: 6580PLUMED: File suffix: PLUMED: FILE: plumed.datPLUMED: Action DISTANCEPLUMED: with label d1PLUMED: between atoms 1 2PLUMED: using periodic boundary conditionsPLUMED: Action PRINTPLUMED: with label @1PLUMED: with stride 10PLUMED: with arguments d1PLUMED: on file colvarPLUMED: with format %fPLUMED: END FILE: plumed.datPLUMED: Timestep: 1.000000PLUMED: KbT has not been set by the MD enginePLUMED: It should be set by hand where neededPLUMED: Relevant bibliography:PLUMED: [1] The PLUMED consortium, Nat. Methods 16, 670 (2019)PLUMED: [2] Tribello, Bonomi, Branduardi, Camilloni, and Bussi, Comput. Phys. Commun. 185, 604 (2014)PLUMED: Please read and cite where appropriate!PLUMED: Finished setupPLUMED: Cycles Total Average Minimum MaximumPLUMED: 1 0.003111 0.003111 0.003111 0.003111PLUMED: 1 Prepare dependencies 5 0.000005 0.000001 0.000000 0.000003PLUMED: 2 Sharing data 1 0.001410 0.001410 0.001410 0.001410PLUMED: 3 Waiting for data 1 0.000022 0.000022 0.000022 0.000022PLUMED: 4 Calculating (forward loop) 1 0.000017 0.000017 0.000017 0.000017PLUMED: 5 Applying (backward loop) 1 0.000047 0.000047 0.000047 0.000047PLUMED: 6 Update 1 0.000052 0.000052 0.000052 0.000052

在这个给定的轨迹文件中其实包含了5个step,但是由于我们设置了每10个step打印一次,因此最终存储到colvar中的数据只有1个值:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples/trieste-1$ ll总用量 760drwxr-xr-x 3 dechin dechin 4096 7月 12 10:22 ./drwxrwxr-x 3 dechin dechin 4096 7月 12 10:19 ../-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 37 7月 12 10:22 colvar-rw-rw-r-- 1 dechin dechin 60 7月 12 10:21 plumed.dat-rw-r--r-- 1 dechin dechin 519979 11月 18 2020 ref.pdbdrwxr-xr-x 2 dechin dechin 4096 11月 18 2020 .solutions/-rw-r--r-- 1 dechin dechin 117620 11月 18 2020 traj-broken.xtc-rw-r--r-- 1 dechin dechin 116036 11月 18 2020 traj-whole.xtc(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples/trieste-1$ cat colvar #! FIELDS time d1 0.000000 0.095760

但是如果我们把上面的存储步长STRIDE修改为1的话,得到的colvar就是如下所示的结果:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples/trieste-1$ cat colvar #! FIELDS time d1 0.000000 0.095760 1.000000 0.096845 2.000000 0.095885 3.000000 0.096010 4.000000 0.095321

这里是将5个step中的所有对应的原子距离都返回了出来。

轨迹文件的格式转换

上面用到的xtc文件是GROMACS生成的轨迹文件扩展名,由于是二进制文件并不方便读取,这里我们可以将其转换成hdf5的格式,然后就可以用python直接来读取其中的数据。这里我们需要借助于mdtraj这个工具。

用pip安装mdtraj

经过尝试用conda来装失败了,因此建议直接使用pip来进行安装:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples/trieste-1$ python3.9 -m pip install mdtrajCollecting mdtraj Downloading mdtraj-1.9.6-cp39-cp39-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.whl (6.0 MB) |████████████████████████████████| 6.0 MB 1.1 MB/s Collecting astunparse Using cached astunparse-1.6.3-py2.py3-none-any.whl (12 kB)Requirement already satisfied: numpy>=1.6 in /home/dechin/anaconda3/envs/AmberTools21/lib/python3.9/site-packages (from mdtraj) (1.21.0)Requirement already satisfied: scipy in /home/dechin/anaconda3/envs/AmberTools21/lib/python3.9/site-packages (from mdtraj) (1.7.0)Requirement already satisfied: pyparsing in /home/dechin/anaconda3/envs/AmberTools21/lib/python3.9/site-packages (from mdtraj) (2.4.7)Requirement already satisfied: six<2.0,>=1.6.1 in /home/dechin/anaconda3/envs/AmberTools21/lib/python3.9/site-packages (from astunparse->mdtraj) (1.16.0)Requirement already satisfied: wheel<1.0,>=0.23.0 in /home/dechin/anaconda3/envs/AmberTools21/lib/python3.9/site-packages (from astunparse->mdtraj) (0.36.2)Installing collected packages: astunparse, mdtrajSuccessfully installed astunparse-1.6.3 mdtraj-1.9.6

安装完成后会生成一个名为mdconvert的可执行文件,一般情况是在系统路径下可以直接指令调用的,下述是mdconvert的帮助文档:

$ mdconvert -husage: mdconvert [-h] -o OUTPUT # 必需,指定输出文件 [-c CHUNK] # 可选,指定一次读入内存的帧数,默认1000. [-f] # 可选,如果输出文件已存在,则强制覆盖 [-s STRIDE] # 可选,只加载 every stride-th frame [-i INDEX] # 可选,更加灵活地指定加载特定的帧(Python格式),eg: -i N; -i -1; -i N:M [-a ATOM_INDICES] # 可选,通过文件指定只加载特定的某些原子,文件内容为原子序号(从0开始计数) [-t TOPOLOGY] # 可选,指定拓扑文件(PDB/prmtop 格式),一旦指定即可将轨迹输出为pdb格式。 input [input ...] # 必需,指定输入文件(可以是多条轨迹)

通过mdconvert,可以将上面的案例中所提到的xtc文件配合pdb文件转化成hdf5格式的文件:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples/trieste-1$ mdconvert -o test.h5 -t ref.pdb traj-whole.xtc Warning: 'step' data from input file(s) will be discarded. output format only supports fields: 'xyz', 'time', 'cell_lengths', 'cell_angles', 'velocities', 'kineticEnergy', 'potentialEnergy', 'temperature', 'lambda', 'topology'converted 5 frames, 6580 atoms

而读取hdf5的文件,可以用python中的h5py来实现,没有安装h5py的可以通过pip简单的安装一下:

(base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/plumed/examples/trieste-1$ python3 -m pip install h5py==2.9Collecting h5py==2.9 Downloading h5py-2.9.0-cp38-cp38-manylinux1_x86_64.whl (2.8 MB) |████████████████████████████████| 2.8 MB 997 kB/s Requirement already satisfied: numpy>=1.7 in /home/dechin/anaconda3/lib/python3.8/site-packages (from h5py==2.9) (1.20.2)Requirement already satisfied: six in /home/dechin/.local/lib/python3.8/site-packages (from h5py==2.9) (1.16.0)Installing collected packages: h5py Attempting uninstall: h5py Found existing installation: h5py 3.2.1 Uninstalling h5py-3.2.1: Successfully uninstalled h5py-3.2.1Successfully installed h5py-2.10.0

具体的h5py的使用方法这里就不进行展开了,可以参考官方的使用文档。

总结概要

本文作为一个入门级的文章,主要介绍了分子动力学模拟中增强采样的基本概念与相应工具的安装和使用。PLUMED是业界比较出名的一款增强采样开源软件,能够对接多个分子动力学模拟软件,如GROMACS等,并利用这些软件生成的路径信息来进行采样。并且为了可以在python上也能看到路径信息等重要数据,可以考虑使用mdconvert将路径数据转化成python上常用的hdf5格式并用h5py进行读写。

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作者ID:DechinPhy

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参考链接https://www.jianshu.com/p/edbcd57ffa03https://blog.chembiosim.com/alter-md-trajectory-file-format-with-mdconvert/https://blog.chembiosim.com/plumed-basics-01/

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