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文章导读:作者:科研猫 | 老丁 责编:科研猫 | 依米 如果我们在PubMed中输入检索关键词,往往会出现海量的文献。尽管都是经过同行评议、理论上可信的科研成果,但其质量也是良莠不齐。如何在其中挑选出高质量的文献,有一条……各位看官请向下阅读:

作者:科研猫 | 老丁

责编:科研猫 | 依米

如果我们在PubMed中输入检索关键词,往往会出现海量的文献。尽管都是经过同行评议、理论上可信的科研成果,但其质量也是良莠不齐。如何在其中挑选出高质量的文献,有一条捷径就是看文献所在杂志的影响因子。高影响因子的杂志,往往文章审核机制更为健全、科研成果更为可信、权威。

今天我们来讲讲,如何在新版PubMed中实现基于影响因子分值的文献筛选,需要用到PubMed里面的自定义过滤器(Custom Filter)的功能。

步骤1:

PubMed现在已经关掉了老版本入口,现在的新版本要求,必须先进行注册、登录后才能进行筛选条件的设置。

登录后点击右上角的用户名,会有下拉菜单。点击Dashboard,这里就是老版本的MyNCBI入口,可以进行多项筛选项目的设置。

MyNCBI里面的内容很多,我们需要找到Filters(筛选器),点击Manage Filters选型进行设置。

点击Manage Filters选型后,我们就可以进行Create custom filter的设置了。

步骤2:

Custom Filter的本质是二次过滤,是对用户输入关键词(例如:cancer and drug、PCOS、HIV等)后,搜索到的文献进行二次筛选,更加快速精准的找到满足用户需要的文献。

自定义过滤器包含对特定期刊的搜索,这是IF过滤条件的形成由来。例如,设置过滤条件IF>20,即把IF在20以上的期刊名都列出来,通过OR连接词,组成搜索语句,从已搜索到的文献进行二次过滤,把IF在10以上的期刊文献罗列出来。

有两点需要特别注意一下。就是新版的PubMed,对自定义过滤器的字符进行了限制,单个自定义的过滤器字符不超过4000,所有自定义过滤器包含的字符数不能超过10000。也就是说,自定义过滤器须同时满足这两个条件,才能实现自定义的检索。

进过科研猫的试验发现,基于期刊ISSN号而构成的IF过滤器,使得自定义过滤器在不超过字符数限制的情况下可以检索到更多的文献。原因是,期刊名的字符数要远远多于ISSN号。

建议IF过滤区间可以分为IF≥20,20≥IF≥10,10≥IF≥7,7≥IF≥6,6≥IF≥5(仅供参考),可自主设置。 随着影响因子的降低,5分以下每1分的影响因子间隔,它所包含的期刊ISSN号检索组合都会超过4000。所以,如果非常需要对影响因子进行更小分值的划分,可自行试验区间。

步骤3:

安装Scholarscope插件:Scholarscope它能自动加载 PubMed 期刊的影响因子,帮助用户筛选有用的期刊;添加文献下载链接,在校外也能一键下载文献(基于Sci-Hub)。有了Scholarscope插件,尽管不能对5分以下的期刊进行自定义筛选设置,也可以在浏览检索结果的过程中,直接看到对应影响因子。

插件下载地址:

https://www.scholarscope.cn/

该插件的安装教程详见:

http://blog.scholarscope.cn/how-to-install/

不是对所有浏览器都支持,仅支持chrome、火狐、360、QQ浏览器等,当然也仅能在此浏览器的PubMed页面中才能加载影响因子,同一电脑的另一未安装插件的浏览器是不能加载的。

以火狐浏览器为例:点击下载后,会陆续有两个弹窗;点击添加。

检验是否安装成功了呢?打开PubMed页面输入任意关键词,看检索出来的文献是否带有影响因子标志。

步骤4:

在Scholarscope生成PubMed的影响因子Filter,直接打开网站,https://www.scholarscope.cn/tools/issn.html

输入IF范围,没有无效提示的情况下,点击「确定」即可生成,「复制到剪贴板」,备用后面的设置。根据步骤1中操作进入Create custom filter的设置。

在下图中Query terms中填入「复制到剪贴板」中的内容,在Save filter as中填入影响因子区间,保存即可。

给Active框打勾,才可激活Filter,choose another database中会显示激活的筛选条目个数。

我们可以输入任意关键词搜索内容,可以看到自定义设置的IF过滤器位于屏幕的左侧。为什么只选择了4个筛选条目,没有加上“6≥IF≥5”呢,那是因为,这样的话,总的字符数会超过10000,无法进行检索。所以,可以进行分批次的影响因子自定义筛选。

注意事项:

1)注意检查NCBI账号是否已登陆。

2)单个自定义过滤器的字符数是否超过4000,所有自定义过滤器包含的字符数是否超过10000。

3)创建filter,是否已经点Active。无法一次性全部active 的时候,不要忘记进行分批。

参考资料:

[1]https://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf18/jf18_pm_filters.html

[2]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53591/

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