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文章导读:解螺旋公众号·陪伴你科研的第1773天 这是第七篇Graphpad Prism 8教程,文末还有前面教程的合集哦。 阅读文献是提高科研能力的有效方式,下图是JOURNAL OF CEREBRAL BLOOD FLOW AND METABOLISM(最新影响因子6.045……各位看官请向下阅读:

解螺旋公众号·陪伴你科研的第1773天

这是第七篇Graphpad Prism 8教程,文末还有前面教程的合集哦。

阅读文献是提高科研能力的有效方式,下图是JOURNAL OF CEREBRAL BLOOD FLOW AND METABOLISM(最新影响因子6.045)期刊上的XY轴双误差线图,这种二维图片实际上反应的是三维的信息,即显示不同组之间MPO表达水平与MMP-9激活之间的关系,例如lacZ组MPO表达在0.7-1.3之间时MMP-9激活水平为0.8-1.2。

XY轴双误差线图特点为X与Y均存在误差线,X不仅仅是单一的分组或值。GraphPad Prism功能强大完全可以胜任XY轴双误差线图的绘制。话不多说,今天给大家分享使用Graphpad Prism 8.0绘制XY轴双误差线图。

基础知识

常见的误差线显示为SD标准差与SEM标准误,SD关系为SEM=SD/Sqrt(n)。Excel可以根据函数SD=STDEV(Value)计算SD,根据SEM=SD/Sqrt(n)计算SEM。在Graphpad Prism 8.0在Column数据中点击Analyze,选择Column analyses下选择Descriptive statistics :

选择显示最大值、最小值、范围,均值,SD,SEM,点击OK即可得到数据SD与SEM:

绘制步骤

1. 打开Graphpad Prism 8.0软件,在New table & graph下选择XY,Opitions,选择Number with error vlaues to plot horizontal error bars(X轴均值与误差线),Y:Enter Mean,SD,N,Create。

2. 输入已经计算Mean与SD数据:

在Graphs下可预览数据对应图形效果,点击OK:

3. 添加边框:双击X轴,进入Format Axes界面,选择Frame and Origin:

选择Frame and Grid Line,Frame如下图所示选择Plain Frame(普通边框):

效果如下:

4. 添加分组标记,点击文本工具,依次添加lacZ,VEGF+Ab,VEGF+S,VEGF,得到了与文献中相同的XY轴双误差线图:

5. R语言ggplot2绘图背景风格为下图所示,浅灰色背景,无边框,坐标数值浅灰色:

双击X轴,进入Format Axes界面,选择Frame and Origin,选择Axes and Color,Color of axes(坐标轴颜色)设置为浅灰色,绘图区域Color of plotting area也为浅灰色:

同样在Format Axes界面选择Frame and Grid Line,Major grid选择为X and Y axes,颜色为白色,宽度为1pt,Minor grid选择X and Y axes,颜色也为白色,宽度为1/2pt:

得到效果如下:

鼠标选中横坐标、纵坐标数字:

在文本颜色处设置坐标数值颜色为浅灰色:

最好效果为类似ggplot2风格的图片:

以为这就完了吗?是否每次都需要这么繁琐的调整?

当然不是,我们可以把调整好的ggplot2风格保存为模板,可以方便自己(可以绘制设置完全一致的统计图表)也可以分享文件给其他人小伙伴。具体方法为,File,Save Special,Save example:

如何使用已经保存好的模板,新建文件时选择New table & graph下选择Clone a graph:

在Saved example下可以找到刚刚保存的模板,点击Clone:

Clone时选择删除原有XY数值:

输入新的数值即可方便快捷的得到与目标一样风格设置的图形:

结语

今天给大家分享了使用Graphpad Prism 8.0绘制XY轴双误差线图以及如何设置模仿ggplot2风格与example的保存,希望对大家有所帮助,谢谢大家!

GraphPad Prism 8 系列

版本新功能介绍

绘制小提琴图

绘制误差连线并填充颜色图

分组散点图与柱状图共存图

子列图与柱状图

散点图拟合

第二届“翡翠擂台”已经开始

点击下方图片可了解详情

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